Prototype
(игра, 2009)

«Prototype» - первая из двух игр, в которой пользователь управляет Алексом Мерсером, борющимся за остановку вирусной эпидемии под названием BLACKLIGHT, охватившей весь Манхэттен. Алекс сам инфицирован вирусом, который придал ему особые, мутантские способности, которые со временем эволюционируют и помогают ему остановить вирус.

Главный герой игры - Александр Дж. Мерсер (озвучен Барри Пеппером), который очнулся в морге, находящемся в подвале компании "Гентек", специализирующейся на генетическом инжиниринге в Манхэттене. При его пробуждении учёные, собравшиеся начать вскрытие, испугались и попытались сбежать. Алекс вырвался на свободу и стал свидетелем, как военные расстреливают учёных. Затем военные обнаруживают и атакуют самого Алекса. Он переживает несколько выстрелов в грудь и успешно скачет через стену, спасаясь от погони. Скоро он обнаруживает, что обладает мощными способностями изменения формы, сверхчеловеческой силой, скоростью, ловкостью, выносливостью, остротой чувств, а также возможностью "поглощать" людей, чтобы получить их воспоминания, навыки и внешность. Алекс, потерявший память о своей прошлой жизни, решает разыскать и "потребить" тех, кто связан с заговором, чтобы раскрыть правду. В ходе его поисков Алекс вступает в противоборство с двумя группировками: Корпусом морской пехоты США и "Чёрным дозором" - спецподразделением из Форт-Детрика, задачей которого является борьба с биологическими угрозами, а также с заражёнными - монстрами, создаваемыми вирусом ПРОМЕТЕЙ, который захватил Манхэттен. Капитан Роберт Кросс (озвучен Джеффри Пирсом), офицер "Чёрного дозора", получает приказ найти и уничтожить Алекса.

Алекс вступает в контакт со своей сестрой, Даной (озвучена Лейк Белл), которая помогает ему выслеживать цели. Это приводит к инфильтрации в штаб-квартиру "Гентека". Там он находит молодую женщину по имени Элизабет Грин. Она является носителем вируса ПРОМЕТЕЙ, и при её побеге она освобождает вирус, распространяя его по Манхэттену. Под руководством Даны Алекс обращается к Карен Паркер, его бывшей девушке, которая соглашается помочь ему остановить вирус и просит принести образцы вируса. Позднее Карен заманивает Алекса в ловушку, где он сталкивается с Кроссом. Во время их схватки Алекс почти одолевает Кросса, но тот упоминает "Пенн-Стейшн", что вызывает у Алекса внезапный всплеск воспоминаний и дезориентацию. В этот момент Кросс вводит в организм Алекса паразита, которые угрожает его жизни. Алекс обращается за помощью к доктору Рэгленду, патологу, связанному с "Гентеком". Рэгленд помогает Алексу избавиться от паразита и использовать его в качестве оружия против Грин. Однако это не дает эффекта, так как тело Грин моментально отвергает паразита. Отброшенная биомасса превращается в чудовищное существо - Верховного Охотника, которого убивает Алекс.

Благодаря контакту раскрывается происхождение вируса и Элизабет Грин. В 1969 году правительство провело испытания предшественника вируса в городе Надежда, штат Айдахо. Он был создан для поражения заранее определенных рас. Но вирус мутировал, став намного опаснее, и всё население было заражено. Единственной выжившей оказалась Элизабет Грин. Её организм в какой-то мере принял вирус, переписав её генетический код и код её не родившегося сына, кодовое имя - ПАРИЯ. Весь остальной населённый пункт Надежда, штат Айдахо, было ликвидировано "Чёрным дозором". Грин и ПАРИЯ были взяты в плен для дальнейших исследований.

Алекс узнает о своем прошлом: "Чёрный дозор" закрыл проект "Гентека" из-за утечки и велёл ликвидировать всех участников проекта. Алекс Мерсер украл образец ПРОМЕТЕЯ как "страховку". В итоге, он был прижат к стене силами "Черного дозора" в "Пенн-Стейшен". В последней отчаянной попытке отомстить, Алекс разбивает пробирку с ПРОМЕТЕЕМ, распространяя вирус, после чего его застреливают. Вирус попадает в организм Мерсера через пулевые отверстия и восстанавливает его тело на клеточном уровне.

Контакт и Алекс вводят новый биологический агент "BLOODTOX" под землю для того, чтобы вытащить вирус на поверхность для прямой борьбы. Это приводит к тому, что Грин появляется, обернувшись в огромное чудовище. После поражения Грин возвращается к человеческой форме и поглощается Алексом. Через её воспоминания становится ясно, что генерал Рэндалл, глава "Чёрного дозора", готов уничтожить Манхэттен с помощью ядерного оружия. Контакт оказывается Кроссом. Алекс с помощью капитана проникает на борт "USS Ronald Reagan", чтобы остановить Рэндалла. Когда Алекс поглотил Рэндалла, выяснилось, что Кросс на самом деле Верховный Охотник, который принял облик Кросса, поглотив его. Он атакует Алекса, утверждая, что когда "Чёрный дозор" покинет Нью-Йорк, они больше не будут искать зараженных. И добавляет, что после того, как он поглотит Алекса, сможет выжить в ядерном взрыве. Алекс одолевает Верховного Охотника и вывозит оружие в атлантический океан на вертолёте, где оно взрывается, подхватывая его взрывной волной. Останки Алекса возвращаются в город и регенерируют после того, как он поглотил ворона.

Во время титров показано, что общественность считает, что инфекцию остановила военная служба. Сенатор США говорит перед микрофонами, что события в Манхэттене были примером ядерного и биологического терроризма, и обещает отомстить виновным. Алекс, вспоминая все произошедшие события и открытую им правду о себе, говорит, что он "стал нечто меньшим, чем человек, но в то же время нечто большим". После титров показывают, что Манхэттен медленно оправляется, вирус был практически полностью уничтожен. Алекс, стоя на крыше здания Reuters на Таймс-сквер, замечает, что его работа почти завершена.