Юрий Кушнерёв родился 3 октября 1937 года в Москве. В 1955 году окончил Калининское суворовское военное училище, в 1958 году — Краснознамённое военное училище имени Верховного Совета РСФСР, в 1972 году — режиссёрское отделение ВКСР.
В 1958—1965 годах служил в Советской Армии. Начинал свою карьеру в кино в 1968 году как ассистент режиссёра и второй режиссёр. В дальнейшем стал режиссёром киностудии «Мосфильм». Снялся в нескольких фильмах. Был вторым режиссёром на фильме «Мимино».
В 1990-х годах был продюсером и исполнительным продюсером всех фильмов Георгия Данелия и других режиссёров.
Директор киностудии «Ритм» киноконцерна «Мосфильм».