История рассказывает о борьбе Гоэмона за то, чтобы помешать банде сегунов Персиковой горы превратить Японию в вестернизированный театр изобразительных искусств. Сюжет включает в себя три кинематографических музыкальных эпизода и сражения между гигантскими роботами; как и в других играх Ganbare Goemon, в нем присутствует сюрреалистический юмор и анахронизмы.
Главный герой «Мистического ниндзя» - Гоэмон, вспыльчивый, владеющий кисеру ниндзя с голубыми густыми волосами, похожий на легендарного вора Исикаву Гоэмона. Лорд Оэдо просит его найти тех, кто искалечил замок Оэдо. Гоэмон живет в городе Оэдо и дружит с Эбисумару, странным, прожорливым толстяком, который носит синюю бандану. Эбисумару считается ленивым и извращенным. Их друг, метающий кунаи, Саске - механический ниндзя (созданный Мудрецом из Ига), который любит горячие ванны и японский чай. Завершает список героев Яэ, свирепая куноичи, владеющая мечом, которая случайно встречает банду Гоэмона в городе Дзадзэн. Злодеи игры происходят из организации Peach Mountain Shoguns и включают в себя банду из четырех «чудаков» во главе с танцующими Весенним ветерком (Дэншин Харукадзэ) и Китти Лили (Маргарет Ранко). Они намерены превратить Японию в арену для демонстрации своих талантов.
Если вы хотите предложить нам материал для публикации или сотрудничество, напишите нам письмо, и, если оно покажется нам важным, мы ответим вам течение одного-двух дней. Если ваш вопрос нельзя решить по почте, в редакцию можно позвонить.