2199 год, Земля страдает от нашествия инопланетной расы, которая атаковала планету радиоактивным оружием, сделав ее непригодной для жизни. Выжившие люди прячутся под землей, скрываясь от захватчиков, но со временем радиация проникает и вглубь планеты. Собравшись с последними силами, выжившие снаряжают последний оставшийся космический корабль, линкор "Ямато", и отправляют на планету Искандер, которая находится в большом Магеллановом Облаке. Где находится таинственное устройство, способное нейтрализовать радиацию и дать людям второй шанс на спасение своей родной планеты.