Марк Алан Руффало появился на свет 22 ноября 1967 года в городке Кеноша штата Висконсин в многодетной семье. Отец был художником, мать — парикмахером. Подростком увлекался борьбой. Болел дислексией, что мешало учёбе. Учился на факультете сценических наук Стеллы Адлер, играл в театре.
Стал знаменитым благодаря кинофильму «Можешь рассчитывать на меня» (2000). Врачи диагностировали доброкачественную опухоль головного мозга при подготовке к съёмкам триллера «Знаки» (2002). После операции последовало полное восстановление. Награжден премией Гильдии актёров США и «Эмми». В браке с Санрайз Когни, у пары трое детей.