Syphon Filter 3
(игра, 2001)

Госсекретарь Винс Хэдден вызывает Гейба, Лиана и Муджари для дачи показаний в Конгрессе об их связях с Агентством. Он считает всех троих виновными и допрашивает их после того, как они убивают Ши-Хао из отеля в Японии. Все трое не понимают, что Хэдден замешан в заговоре и ищет козлов отпущения.

Габриэль Логан, Лоуренс Муджари и Лиан Син стоят перед могилой Терезы Липан. Тем временем госсекретарь Винсент Хэдден отменяет операцию по поимке главных героев, заявляя, что у него другие планы в отношении Логана, и он планирует обвинить его во время слушаний в Конгрессе.

В первом флэшбеке, за две недели до слушания, Син подбрасывает Логана в отель "Фукусима" в Токио, Япония, чтобы убить китайского генерала-ренегата Ши Хао, прервав допрос последнего члена JRA. Члены JRA проникают в отель и берут в заложницы дочь китайского посла. Логан пробивается наружу и спасает заложницу. Он узнает, что назначены слушания в Конгрессе.

Логан подробно описывает свою операцию 1999 года с Син и Бентоном в Коста-Рике, предшествовавшую инциденту в Вашингтоне (события, первоначально описанные в начале первой игры). Они должны были встретиться с Эллисом, но обнаружили, что его казнили. Логан добывает образцы растений и уничтожает вертолет Ремера, в то время как Син выясняет, что выращивала группа Ремера. Логан преследует Ремера, игнорируя приказ Бентона перегруппироваться. Логан раздобыл джип и последовал за Ремером к его самолету. Логану удается подняться на борт самолета, но он вынужден не убивать пилота, чтобы удержать самолет в воздухе, и стреляет в Ремера (одетого в ту же броню, что и Джейсон Ченс), в результате чего тот выпадает из задней части грузового отсека; хотя в конце концов Ремер выпрыгивает с парашютом в безопасное место.

Следующее свидетельство - от Муджари. Он рассказывает, как впервые столкнулся с Агентством и вирусом сифонного фильтра. В 1984 году он работал с Африканским национальным советом в Мпумаланге, Южная Африка, над освобождением порабощенных африканцев, находившихся под властью апартеида. Муджари входит в несколько шахтерских туннелей и обнаруживает, что его усилия по спасению были напрасны; все рабы мертвы. У него хранятся южноафриканские образцы; Липан, работающий на Агентство, приходит в его лабораторию, видит образцы и просит Муджари поработать над вирусом для Pharcom.

Когда наступает очередь Син давать показания, она описывает события в Кабуле, Афганистан, во время советского конфликта в 1987 году, а также свою роль в операции в Коста-Рике. В первом эпизоде "флэшбэка" она собирает доказательства передвижения советских войск под командованием Ури Грегорова; она агент МГБ. Она попадает в засаду, устроенную советами, но ее спасает Логан, рейнджер армии США. Логан рассказывает Сину о своей миссии по доставке оружия местным повстанцам, и Син соглашается отвлечь его внимание. В последнем флэшбэке Син обнаруживает, что Ремер похитил большое количество всемирно известных ученых и медицинских техников для работы в своих лабораториях. Бентон приказывает Лиан спасти ученых, чтобы выяснить, для чего использовались растения. Ей также приказано взять образец вируса, собрать диски с данными и уничтожить компьютеры, содержащие эти данные. Во время миссии выясняется, что Эльза Вайсингер - один из лаборантов Ремера. Также выясняется, что растения необходимы для создания вируса сифонного фильтра.

В то время как другие дают показания, Логан вместе с командой МИ-6, возглавляемой Марджерет Пауэрс, отслеживает одну из последних поставок вируса Сифон-фильтра в Дублин, Ирландия. Логан устанавливает взрывчатку на корабль "Лорелея" и забирает грузовой манифест. На них нападает ИРА, которая узнает о планах Агентства по доставке контейнеров с вирусом. Выясняется, что они уже разгрузили несколько грузовиков с вирусом, в то время как бомбы были установлены на корабле. Логан и его команда не дают грузовикам покинуть этот район, одновременно ликвидируя двойного агента.

После своей миссии в Ирландии Логан дает показания о своей роли в Афганистане в 1987 году, в которых рассказывается, как он и Эллис были завербованы в Агентство. Логан, Эллис и Бентон - единственные выжившие из уничтоженного конвоя с продовольствием. При въезде в Кабул из-за диверсии Сина маршрут конвоя временно не охраняется, за исключением танка, охраняющего городскую площадь. Гейб уничтожает танк, используя взрывчатку С-4, и рассказывает Хэддену, что связной Бентона - не афганский повстанец, а советский агент. Бентон работает не на ЦРУ, а на Агентство, которое поставляет оружие Советам. Однако Бентон убивает советского агента и приказывает главным героям оставить оружие повстанцам.

Разведданные Логана приводят Сина и Пауэрса в пустыню Танами в Австралии, где Вайсенджер руководит медицинским завершением операции. Син намерен похитить Вайсенджера, сфотографировать свидетельства геноцида, устроить диверсию против террористической группировки и спасти аборигенов, которых вскоре казнят. После похищения Син заставляет Вайсенджера синтезировать вакцину. Прежде чем отправиться спасать жителей деревни, Вайсенджер дает Сину информацию о Маре Арамов в качестве страховки на случай, если Арамовцы обманут ее. Вайсенджер уходит, а Син возвращается к вертолету.

Хэдден обвиняет Логана в убийстве Липана, но появляется сама Тереза и рассказывает, что инсценировала свою смерть. Она рассказывает о своем первом дне в качестве агента ATF в Западной Монтане, Парадиз-Ридж, в начале 1990-х годов. Ей звонят два агента ФБР и говорят, что им нужна поддержка, чтобы обезвредить снайпера ополчения. Тереза оказывает поддержку агентам, но в итоге оказывается замешанной в заговоре. Специалист по выживанию ополченцев по имени Эрл Оуктон, захваченный агентами, хладнокровно казнен. Предполагаемые агенты ФБР на самом деле являются коррумпированными агентами АНБ, которые намереваются убить семью Оуктон, чтобы получить спутниковые данные. Логан, замаскировавшись под одного из агентов, захватывает Липана, а затем спасает его от казни. Логан беспокоится о получении данных, в то время как Липан делает все возможное, чтобы спасти ополчение и своих коллег-агентов ATF от агентов АНБ. В конце концов она встречается с семьей Оуктонов (или с тем, что от них осталось), восстанавливает спутниковые данные и извлекает их из этого района вместе с Логаном.

В конце своих показаний Липан рассказывает, что все это время следила за Хэдденом, чтобы выяснить, что Арамов является его сообщником. Логан появляется с федеральными агентами с ордером на арест Хэддена. Арамов врывается внутрь и расстреливает всех, кого видит, но Логан и Липан ускользают от нее. Логан преследует Арамов, попутно спасая захваченных федеральных агентов. Он также ищет коды для обезвреживания заложенных бомб. В конце концов Логан садится в поезд Вашингтонского метро, на тех же линиях, на которых он столкнулся с Арамовым в 1999 году, и стреляет в нее.

После поимки Арамова Гейб становится главой Агентства, позже известного как IPCA. Однако Арамову удается сбежать из тюрьмы. В кат-сцене после титров показано, как Арамов извлекает партию вируса сифонного фильтра из обломков эсминца "Лорелея".