В нью-йоркской католической школе Святого Николая, сталкиваются двое в сутанах - консервативная сестра Алоизия и отец Флинн, придерживающийся прогрессивных взглядов на роль церкви в меняющемся мире. Сестра Алоизия, суровый школьный директор и ярая защитница монашеских традиций, стоит перед выбором всей ее жизни: или она покажет свой страх и открыто обвинит священника в том, что он нанес оскорбление афроамериканскому ученику, или же она утаит свои подозрения и сомнения. Особенно, когда за возможным оскорблением может скрываться кое-что серьезнее. Их конфликт становится неразрешимым, когда Сестра Алоизия обвиняет своего оппонента в "аморальных отношениях" с одним из учеников. Это глубокая, личностная борьба между сестрой Элозиус и отцом Флинном в конце концов перерастает в вопрос веры и справедливости в тени уединенной, «закрытой» церковной организации.