Расследованием преступлений, совершаемых сотрудниками правоохранительных органов, занимается специальная служба — главное управление собственной безопасности.
Рыцари без страха и упрёка распутывают тайные коррупционные схемы, концы которых теряются в милицейских кабинетах.
Их работа точно такая же, как и у остальных «обычных» полицейских: сбор данных, оперативная разработка, слежка, прослушка, опросы свидетелей, возбуждение уголовных дел… с одной лишь разницей — сотрудники собственной безопасности работают против своих коллег. Их никто не любит, их только боятся. Они — гласно внедрённый чужеродный элемент в правоохранительную систему страны.
Герои фильма «Департамент» — несколько офицеров собственной безопасности — работают в атмосфере постоянного недоверия и подозрительности, где каждый шаг нужно просчитывать и продумывать со всех сторон, действовать максимально деликатно и в то же время эффективно. Их успехи только увеличивают пропасть между ними и обычными людьми в форме. В такой ситуации тотального отчуждения офицеры ДСБ сплачиваются ещё сильнее, становятся настоящей командой, без слабых мест и практически непобедимой. Им покоряются сложнейшие дела, многие высокие полицейские чины вынуждены сдать удостоверения и отправиться в тюрьму.
Многие дела, которые расследуются в фильме, основаны на реальных историях. Сценаристы фильма работали в архивах, актёры знакомились с сотрудниками департамента, а режиссёров консультировали в Главном Управление собственной безопасности МВД России.