В захудалую приморскую деревеньку приезжают трое молодых людей: Максим, его брат Пётр и его новая девушка, Полина. Герои покупают полуобгоревший корабль, который уже несколько лет стоит в затоне неподалеку от села, и решают починить его, чтобы затем уплыть в кругосветное путешествие или продать судно за приличную сумму. Друзья с энтузиазмом принимаются восстанавливать свое приобретение, хотя фронт работ оказался значительно больше, чем они подозревали. Но вскоре троица с удивлением обнаруживает, что местные жители совсем не рады их появлению, а с обгоревшим кораблем связана жуткая мистическая история. Жители верят, будто души жертв пожара до сих пор обитают на корабле, и если нарушить их покой, то деревне грозят страшные беды: мертвые начнут мстить. Приезжих горожан, которые не верят местными байкам и не собираются расставаться с покупкой, местные пытаются выгнать из своей деревни. Ребята начинают получать прямые ультиматумы, жители грозят им расправой и даже пытаются разрушить корабль. Тем временем в окрестностях затонувшего судна действительно начинают происходить необъяснимые и страшные явления, противостоять которым героям удается с трудом.
Одну из главных ролей в фильме сыграл Евгений Алехин – писатель и участник рэп-групп «Макулатура», «Ночные грузчики» и «Шляпа Шаляпина».
Помимо Романа Каримова над сценарием «Чёрной воды» также работали Александр Лунгин, сын режиссера Павла Лунгина, и Сергей Осипьян – ученик Александра Кайдановского.