Герои фильма «Флаги на башнях» - воспитанники детской коммуны им. Ф. Дзержинского в пригороде Харькова. Именно здесь в 1927-1935 годах вела работу группа преподавателей под руководством известного педагога и писателя А.С. Макаренко. В это время в стране ведется непростая борьба с беспризорностью. Колонисты приходят сюда и добровольно, и в сопровождении милиции. Некоторых приводят сами родители. Макаренко ставит перед ребятами большую, конкретную цель: своими силами построить настоящий завод. Общий подъём захватывает и новичков - Игоря, Ванду, Ваню. Дети любят Макаренко, доверяют ему. Большая доброжелательность, внимание педагога к беспризорникам делают своё дело: в сердцах детей рождается уважение к труду, интерес к жизни.