Пропадает без вести сотрудница ФБР, и последней надеждой её коллег становятся Фокс Малдер и Дана Скалли, бывшие специальные агенты, вынужденно, хотя и по разным причинам, оставившие службу. Единственным человеком, дающим следствию хоть какую-то информацию, является престарелый Джозеф Криссман, в прошлом священник, отбывший наказание за совращение малолетних, который уверяет, что картины совершённых преступлений непроизвольно - «по воле Бога» - возникают в его сознании… Он уверяет, что женщина еще жива. В снегу закопаны разнообразные части тела, и Малдер со Скалли должны понять, что все это означает.
Подробности сюжета держались до премьеры в строжайшей тайне, и даже актеры не знали, о чем, в итоге, будет фильм: каждому давали читать лишь его роль. "Я хочу верить" – фраза с постера, висевшего в офисе Малдера. Первая полнометражная картина "Секретные материалы: фильм. Борьба за будущее" /X Files, The/ (1998) была рассчитана на поклонников телесериала и выглядела, в сущности, как очень длинная серия шоу. Однако для восприятия "Секретных материалов-2" не обязательно разбираться в устройстве вселенной "Х-файлов". Режиссер Крис Картер уверен, что даже если бы сериала о Малдере и Скалли никогда не существовало, фильм "Хочу верить" все равно собрал бы свою аудиторию. Цитата "Проще говоря, мы хотели перепугать зрителей до усрачки". (Крис Картер) "Вы, ребята, просили рассказать парочку историй со съемок. Вот одна – было очень холодно". (Блог Дэвида Духовны)