1327 год. В Европе — эпоха великого смятения, экономического кризиса, эпидемий чумы, неуверенности и конфликтов. В обществе молодого послушника Адсона (Кристиан Слэйтер) францисканский монах Вильям Баскервильский (Шон Коннери) расследует серию трагических и таинственных смертей монахов в бенедиктинском монастыре на севере Италии (выпал из окна, которое не открывалось; утоплен в бочке с кровью; захлебнулся в ванне). На фоне всеобщей бедности монастырь очень богат и является научным центром. Главным сокровищем монастыря является библиотека, куда никому нет доступа. Разгадывая одно убийство за другим, Вильям убеждается, что ключ к раскрытию загадки лежит в пределе Африки (тайный отдел библиотеки), где хранится книга Аристотеля, посвященная комедии, которая могла перевернуть представления о Боге. Этого и опасался один из монахов, считавший, что каждое из слов Аристотеля, и в средние века являвшегося непререкаемым авторитетом в свое время перевернуло сложившиеся представления о мире. Если эта книга стала бы предметом вольного толкования, пали бы последние границы. Это и побудило его к преступлениям, к которым он косвенно оказался причастен.